Фамилия Агажановы образована от личного имени Агажан. Это составное мужское имя, типичное для тюрко-персидской ономастики. Первая часть — «ага» — восходит к арабскому слову со значением «господин», «старший», «хозяин». Вторая часть — «жан» (искажённое «джан») — пришла из персидского языка, где означает «душа». Таким образом, имя Агажан можно перевести как «господин души», «уважаемая душа» или «душа-господин».

Родители, называя сына Агажаном, желали ему стать уважаемым, состоятельным человеком, занимающим высокое положение. Фамилия Агажанов, по русской словообразовательной модели, — это отчество в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Агажанов, то есть сын Агажана. Суффикс -ов указывает на русское оформление тюркской основы, что характерно для фамилий, возникших в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, принявших православие или долгое время живших в русскоязычной среде.

Слово «ага» в тюркских языках имело и социальный оттенок — так обращались к старшим по возрасту или положению, к богатым землевладельцам. Поэтому не исключено, что первый носитель имени Агажан был человеком зажиточным или уважаемым в общине. Фамилия Агажановы — памятник восточной культуры, но точное место и время её возникновения можно установить только в ходе генеалогического поиска по конкретным архивным записям.