Фамилия Агаджановы (в мужском роде — Агаджанов) происходит от мусульманского составного имени Агаджан. В нём слились два арабских корня: «ага» — господин, и «джан» — душа. Таким образом, имя Агаджан означает «господин души» или, в более широком смысле, «уважаемый, дорогой человек». Агаджановы — это не единичная фамилия, а целый род, объединённый общим предком, носившим это имя.

Словообразовательная модель проста: к основе Агаджан прибавили типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Так из восточного имени получилась фамилия, которая органично вписалась в русскую ономастическую систему.

Исторически фамилия Агаджанов относится к пласту древнейших восточных фамилий, появившихся на Руси. Их корни уходят в XV–XVII века, ко временам активных контактов с тюркскими народами — выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Многие выходцы с Востока поступали на русскую службу, принимали православие, но их потомки нередко сохраняли родовые имена в качестве фамилий. Именно поэтому в родословных Агаджановых восточное происхождение подтверждается самим именем родоначальника.

Имя Агаджан было распространено не только в тюркской, но и в персидской и арабо-мусульманской среде. Поэтому география фамилии широка: её носители встречаются среди армян, азербайджанцев, татар, народов Дагестана и других групп Кавказа и Средней Азии. В России фамилия стала известна в среде купечества и дворянства — исторический факт, что многие нерусские по происхождению дворяне вносили в русскую культуру инонациональные основы, в том числе и в фамилии.

В отличие от многих фамилий, где значение стёрлось, Агаджановы несут в себе прозрачную и благозвучную смысловую нагрузку. Фамилия — не просто родовой ярлык, а замечательный памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в себе древнее имя-пожелание.