Основой фамилии Агаджанян послужило имя Агаджан. Фамилия Агаджанян ведет свое начало от армянского мужского имени Агаджан, которое переводится на русский язык как «горец». Как известно, горцами называют народы и этнических группы, живущие в горных районах любой страны. Поэтому, вполне вероятно, что фамилия содержит указание на происхождение основателя рода. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агаджан, со временем получил фамилию Агаджанян.