Фамилия Агамджанова — женская форма, мужской вариант — Агамджанов. Её основа уводит в ту часть ономастикона, где русская фамильная модель накладывается на восточное имя, а точнее — на арабо-персидское составное имя.

Корень здесь — Агамджан. Это сложное имя, где первая часть «агам» восходит к арабскому «а’зам» — «величайший», «великий», а вторая «джан» — персидское слово «душа», «жизнь», частый компонент в тюркских и иранских именах (сравните: Рустамджан, Каримджан). В сумме Агамджан можно перевести как «великая душа» или «величайший из живых». Имя типично для народов, испытавших влияние исламской культуры и персидского языка — таджиков, узбеков, азербайджанцев, а также для некоторых групп татар и горских евреев.

Русский суффикс -ов (в женской форме — -ова) присоединился к этому имени стандартным для XIX–XX веков способом, когда фамилии давали по отцу: Агамджан → сын Агамджана → Агамджанов. Модель образования простая и предсказуемая, но сама основа редкая для центральной России. Это указывает на то, что предки носительницы фамилии, скорее всего, происходили из Закавказья, Средней Азии или из тюркоязычных регионов Поволжья, а затем переехали в русскоязычную среду, где и получили фамилию на «-ов».

Интересно, что в написании фамилии встречается вариант Агамджанян (с армянским суффиксом -ян), что может говорить о носителях-армянах, у которых имя Агамджан также встречается. В русском же варианте суффикс -ов закрепил фамилию за определённой этнической и социальной группой — чаще всего это потомки переселенцев, чьи отцы носили это имя в начале XX века.