Фамилия Агдамова — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с топонимом. Основа фамилии — название города Агдам на территории современного Азербайджана. Суффикс -ов образует типичную русскую патронимическую или посессивную модель, указывающую на принадлежность: «Агдамов» буквально означает «из Агдама» или «относящийся к Агдаму».

Женская форма Агдамова — это, как правило, вариант мужской фамилии Агдамов, переданный по наследству. В русской традиции такие фамилии закрепились за выходцами из Закавказья, которые переселялись в центральные губернии Российской империи в конце XIX — начале XX века. Агдам до 1993 года был крупным городом в Карабахе, известным своим хлебом и виноделием, поэтому предки носителя фамилии могли быть торговцами, ремесленниками или крестьянами, переехавшими по экономическим причинам.

Морфологически фамилия проста: корень «Агдам» и суффикс «-ов». В азербайджанском языке название города, по одной из версий, восходит к тюркскому «аг» (белый) и «дам» (крыша, дом) — то есть «белый дом». Другая гипотеза связывает его с персидским «аг дам» — «тихое место». В любом случае, фамилия не имеет славянских корней и не связана с прозвищами или профессиями, характерными для русских крестьян.

Встречаемость фамилии крайне низкая даже в Азербайджане, а в России она единична. Из-за разрушения города Агдам в ходе Карабахского конфликта фамилия приобрела дополнительный исторический оттенок — её носители, скорее всего, потомки людей, покинувших родные места в 1990-е годы. В документах фамилия не склоняется по правилам азербайджанского языка, но в русском контексте подчиняется стандартной схеме: Агдамова, Агдамовой, Агдамову.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Агдамов, Агдамлы или Агдам-оглы показывает, что форма на -ов — результат русификации, характерный для записи фамилий в паспортах советского периода. Иных версий происхождения, кроме топонимической, не существует — ни одно славянское нарицательное слово не даёт схожего звучания.