Фамилия Агения сразу бросается в глаза своей нестандартностью: в ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые обычно указывают на принадлежность отцу. Это «голая» основа, застывшая в именительном падеже, что для исконно русского именослова редкость. Скорее всего, перед нами адаптированная форма иноязычной фамилии, пришедшая через духовное или греческое влияние.

Самое прямое объяснение — связь с греческим именем Агния (Ἁγνή — «чистая, непорочная»). В православной традиции это женское имя, известное по святой Агнии Римской. Фамилия могла образоваться от него по модели, характерной для южных регионов (Украина, Беларусь) или для греческих переселенцев: имя в чистом виде становилось фамилией без дополнительных суффиксов. В таком случае предок носительницы фамилии мог быть либо священником, либо человеком, получившим прозвище по имени матери или жены — редкий случай матриархального прозвания.

Менее вероятная версия — искажение фамилии Агейкин или Агеев (от имени Агей, Аггей — «праздничный»). Но здесь форма «Агения» выглядит как результат описки или переосмысления: конечное -ия вместо -ей или -ев. Если бы фамилия была от Агея, она скорее звучала бы как Агеев или Агеенко. Поэтому версия с греческим именем Агния правдоподобнее.

Географически фамилия Агения почти не встречается в исторических переписях России. В современных базах она единична. Это говорит о том, что носители, вероятно, происходят из среды духовенства (где греческие имена были нормой) или из семей греков-понтийцев, переселившихся в Россию в XIX–XX веках. Если искать аналоги, стоит посмотреть на фамилии Агниашвили (грузинская ветвь) или Агниадес (греческая), но Агения — более русифицированный вариант.

Таким образом, фамилия Агения скорее всего восходит к греческому «чистая» через женское имя Агния. Это один из тех редких случаев, когда фамилия не скрывает профессию или прозвище, а прямо называет христианскую добродетель, закреплённую за конкретным человеком.