Фамилия Агение — редкий пример нерусской по происхождению модели образования. Вместо привычных суффиксов -ов, -ев или -ин здесь работает притяжательный суффикс греческого или латинского образца. Форма «Агение» буквально означает «Агениев» или «из рода Агения», то есть указывает на принадлежность к человеку с основой «Аген-».

Эта основа восходит к античному имени: древнегреческому Ἀγένης или латинскому родовому имени Agenius. В переводе с греческого корень связан с глаголом ἄγω — «вести, руководить», поэтому имя Аген могли толковать как «вождь» или «предводитель». В русскую среду такая фамилия попала не из народной речи, а через книжную традицию — скорее всего, из духовных семинарий XVIII–XIX веков. В семинариях ученикам часто давали фамилии от греческих и латинских корней, чтобы подчеркнуть образованность. Священник или его сын мог получить фамилию Агениев (со временем упростившуюся до Агение) в честь святого или античного героя. В православных святцах действительно есть мученик Агений с памятью 20 марта по старому стилю, что делает версию о церковном происхождении наиболее правдоподобной.

Географически фамилия почти не встречается в современных справочниках. Если она и бытует, то, скорее всего, в единичных семьях на юге России или Украины, где сильны греческие корни, либо среди потомков духовенства. В отличие от массовой фамилии Агеев (от имени Агей), Агение сохраняет более книжную, «учёную» форму — это и отличает её от простонародных вариантов.

Менее вероятная версия связывает фамилию с грузинским именем Агения (груз. აგენია). В таком случае суффикс -ие указывал бы на происхождение, но для русского уха эта модель нехарактерна, и без документальных подтверждений гипотеза остаётся лишь предположением. Таким образом, фамилия Агение — искусственное семинарское образование от греческого имени Аген, указывающее на принадлежность к церковной или учительской среде. Её носители, вероятно, происходят из семей потомственных священнослужителей или людей, получивших классическое образование.