Фамилия Агение — редкий случай, когда мы имеем дело не с исконно русским типом фамилии на -ов/-ев или -ин, а с фамилией, образованной по модели притяжательных прилагательных греческого или латинского образца. Суффикс -иев (в данном случае в форме -иени) указывает на принадлежность: буквально «Агениев» или «из рода Агения». Основа «Аген-» восходит к греческому имени Аген (др.-греч. Ἀγένης) или к латинскому родовому имени Agenius. В античной традиции это имя связывали со словом «вождь» или «предводитель» (от греч. ἄγω — вести, руководить).

В русской среде такая фамилия могла появиться через духовное сословие. В семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии, образованные от греческих и латинских корней, — это считалось признаком образованности. Священник, учившийся в семинарии, мог получить фамилию Агениев (со временем упростившуюся до Агение) по имени какого-нибудь святого или по античному герою. Например, в святцах есть мученик Агений (память 20 марта по старому стилю), что делает версию о церковном происхождении фамилии наиболее правдоподобной.

Географически фамилия Агение почти не встречается в современных справочниках. Если она и бытует, то, скорее всего, в единичных семьях на юге России или Украины, где сильны греческие корни, либо в среде потомков духовенства. В отличие от массовых фамилий вроде Агеев (от имени Агей), Агение сохраняет более книжную, «учёную» форму, что и отличает её от простонародных вариантов.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с грузинским именем Агения (груз. აგენია) — в таком случае суффикс -ие указывал бы на происхождение, но для русского уха эта модель нехарактерна. Однако без документальных подтверждений эта гипотеза остаётся лишь предположением.

Таким образом, фамилия Агение — скорее всего, искусственное семинарское образование от греческого имени Аген, указывающее на принадлежность к церковной или учительской среде. Её носители, вероятно, происходят из семей потомственных священнослужителей или людей, получивших классическое образование.