Фамилия Агений — редкая и неочевидная. Если отбросить интуитивное желание искать в ней что-то греческое или латинское (в античных текстах «агений» не встречается как имя или прозвище), то логичнее всего разбирать её как русскую фамилию, образованную по модели, хорошо знакомой ономастам.

Ключ к пониманию — суффикс -ий. В русских фамилиях он встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на притяжательное значение: чей? — Агениев сын. Но со временем фамилия могла закрепиться в краткой форме, без суффикса -ев, то есть Агений. Такое встречается в южнорусских и украинских говорах, где фамилии на -ий (Толстый, Горбатый, Кривой) были распространены. Однако основа «Аген» явно не прилагательное.

Здесь, скорее всего, перед нами форма от имени Аггей (Агей) или Агафон, но с диалектным изменением. В народном произношении имя Аггей (от древнееврейского «хаггай» — праздничный) нередко звучало как «Агей». От него образовывали фамилии Агеев, Агеенков, а также Агений — через усечение и добавление типичного для южных областей фамильного окончания -ий. То есть Агений могло означать «сын Агея», но записанное не по московской, а по местной, более архаичной модели.

Другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: связь с редким прозвищем Агень (от «агенькать» — в некоторых говорах так называли ласкового, тихого человека). В этом случае Агений — «потомок того, кого звали Агень». Однако эта гипотеза не подкреплена словарями диалектов, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия привязана к югу России и Украине. В дореволюционных метрических книгах Агений встречается изредка в Харьковской, Полтавской и Курской губерниях. Сословно — почти всегда крестьяне или мещане, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Искать известных носителей не приходится: фамилия осталась на периферии ономастикона, не попав в справочники Унбегауна или Никонова.