Фамилия Агенков, вероятно, происходит от имени Агей, которое заимствовано из древнееврейского языка и в переводе на русский язык означает «торжественный, праздничный, веселящийся». Сама по себе фамилия Агенков является отчеством второго порядка: Агенков — сны Агенко, внук Агея. Суффикс -енко может указывать на украинские корни фамилии. Таким образом, потомок человека, которого звали Агей, со временем получил фамилию Агенков.