Фамилия Агеенков (-а) образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агеенков (-а) послужило церковное имя Агей. Имя Агей заимствовано из древнееврейского языка и в переводе на русский язык означает «торжественный, праздничный, веселящийся». Скорее всего, фамилия Агеенков (-а) изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем род Агеенковых переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов (-а).