Мужское крестильное имя Аггей в переводе с древнееврейского означает «торжественный, праздничный», «веселящийся». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Агей. Вероятно, основатель рода Агеенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Со временем, вероятно, род Агеенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агей, со временем получил фамилию Агеенкова.