Фамилия Агеенкова образована от мужского крестильного имени Аггей. В переводе с древнееврейского оно означает «торжественный», «праздничный» или «веселящийся». В основе фамилии лежит народная, производная форма этого имени — Агей. Именно так, без удвоенной «г», имя чаще всего звучало в быту, и от него пошли многие русские фамилии.

Модель образования здесь не самая частая, но прозрачная. Сначала появилась фамилия Агеенко, типичная для украинских и южнорусских земель: суффикс -енко указывал на потомка («чей?» — Агеенко, то есть сын Агея). Затем, когда носители этой фамилии переселились в великорусские губернии, произошла русификация: к основе Агеенк- добавили стандартный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Так из Агеенко получилась фамилия Агеенков, а её женская форма — Агеенкова.

Вероятно, основатель рода был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилии на -енко в массе своей принадлежали простым сословиям, а добавление -ов в данном случае — не признак дворянства, а чисто грамматическая русификация, распространённая среди переселенцев. Таким образом, Агеенкова — это не столько «дочь Агея», сколько «потомок того, кто носил фамилию Агеенко», а в конечном счёте — потомок человека по имени Агей.