Фамилия Аглюллин построена по редкой модели: тюркское имя, прошедшее фонетические изменения, соединилось с русским патронимическим суффиксом -ин. Вопреки стереотипу, что суффикс -ин присоединяется только к основам на -а/-я, здесь он закрепился за именем, которое в исходной форме звучало как Аглюлла или Аглюл.

Корень фамилии восходит к арабскому имени Абдулла (раб Аллаха). В тюркской среде, особенно у татар и башкир, имя подверглось сжатию: Абдулла → Агдулла → Аглюлла. Переход «б» в «г» и выпадение слога — обычное дело в разговорной речи, когда длинное имя укорачивают. Вторая часть «-юлла» — искажённое «Аллах», а «Аг» — редуцированное «абд» (раб). Исходное значение фамилии — «потомок Аглюллы», то есть человека, носившего имя «раб Аллаха».

Словообразовательная модель «имя + -ин» типична для русского освоения тюркских имён в XVI–XIX веках. В отличие от фамилий на -ов, которые образовывались от основ на согласный, суффикс -ин чаще прикреплялся к именам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. В фамилии Аглюллин заметно двойное «л» — результат адаптации тюркского произношения, где долгий звук «лл» передаётся на письме удвоением. Встречаются варианты написания Аглюлин (с одной «л»), но они ещё реже.

Географически фамилия привязана к Татарстану, Башкортостану и татарской диаспоре в других регионах России. Встречаемость крайне низкая: по открытым данным, в России насчитывается не более нескольких сотен носителей. Это позволяет предположить, что фамилия возникла в одном конкретном роду или селе, а не как массовое образование.

Фамилия не фиксируется в дореволюционных дворянских родословных книгах — это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Скорее всего, предки носителя были государственными или ясачными крестьянами Поволжья, получившими фамилию после ревизий или крещения. Поскольку имя Аглюлла — мусульманское, фамилия могла сохраниться и у татар, не переходивших в православие, что редкость для фамилий с русским суффиксом. Это делает Аглюллин не просто редкой, но и показательной с точки зрения межкультурного контакта фамилией.