Фамилия Аглюлин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она образована с помощью самого распространённого русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Аглюлин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Аглюля.

Корень фамилии — Аглюл- — не встречается в славянских именах и нарицательной лексике. Это почти наверняка указывает на тюркское или арабо-тюркское происхождение основы. Наиболее вероятная версия: Аглюля — это русифицированная форма тюркского имени или прозвища, связанного со словом «аглы» (слезливый, плачущий) или «агыл» (ум, разум, рассудок). В тюркских языках «агыл» означает «ум», «разум», а форма «аглы» — «имеющий ум». Суффикс -уля характерен для русских уменьшительно-ласкательных форм, которые часто «переделывали» иноязычные имена на русский лад (сравните: Габдулла → Габдуля, Ахмет → Ахметуля). Таким образом, Аглюля могло быть домашним прозвищем человека, которого в родной среде называли, например, Акыллы (умный) или Аглы (плачущий, слёзный — такое имя иногда давали как оберег от сглаза).

Вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на существование: связь с арабским корнем «агль» (драгоценный, дорогой) или с тюркским «ак» (белый, чистый) в сочетании с «юл» (дорога, путь). Однако такие сложные составные имена в русской среде обычно получали более прямую передачу (Акюлов, Акбулатов), а не стянутую в «Аглюль».

Географически фамилия Аглюлин тяготеет к регионам с давним татарским и башкирским населением — Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, чьё родовое имя адаптировали под русскую модель фамилии. В метрических книгах XIX века такая фамилия могла записываться двояко: Аглюлин или Аглюллин (с двойной «л»), что отражает тюркское произношение.

Социальный статус первых носителей, вероятно, был крестьянским или мещанским: фамилия не содержит признаков дворянского или духовного происхождения (нет суффиксов -ский, -цкий, типичных для семинаристов и шляхты). Фамилия Аглюлин — пример того, как тюркское по корню имя, пройдя через русскую уменьшительную форму и патронимический суффикс, стало звучать органично для русского уха, сохранив при этом память о восточных корнях предка.