Фамилия Аглюлин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Образована она с помощью самого распространённого русского патронимического суффикса -ин, который отвечает на вопрос «чей?»: Аглюлин — значит сын или потомок человека по имени или прозвищу Аглюля.

Корень Аглюл- в славянских именах и нарицательной лексике не встречается. Это почти наверняка указывает на тюркскую или арабо-тюркскую основу. Самая вероятная версия: Аглюля — русифицированная форма тюркского имени или прозвища, связанного со словом «аглы» (слезливый, плачущий) или «агыл» (ум, разум). В тюркских языках «агыл» означает «ум», а форма «аглы» — «имеющий ум». Суффикс -уля типичен для русских уменьшительно-ласкательных форм, которыми часто «переделывали» иноязычные имена на русский лад: сравните Габдулла → Габдуля, Ахмет → Ахметуля. Так Аглюля могло быть домашним прозвищем человека, которого в родной среде называли, например, Акыллы (умный) или Аглы (плачущий, слёзный — такое имя иногда давали как оберег от сглаза).

Менее правдоподобная версия связывает фамилию с арабским корнем «агль» (драгоценный, дорогой) или тюркским «ак» (белый, чистый) в сочетании с «юл» (дорога, путь). Но такие составные имена в русской среде обычно передавались прямее — как Акюлов или Акбулатов, а не стягивались в «Аглюль».

Географически фамилия Аглюлин тяготеет к Поволжью, Приуралью и Западной Сибири — регионам с давним татарским и башкирским населением. Скорее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, чьё родовое имя адаптировали под русскую модель фамилии. В метрических книгах XIX века фамилию могли записывать двояко: Аглюлин или Аглюллин (с двойной «л»), что отражает тюркское произношение.

Социальный статус первых носителей, вероятно, был крестьянским или мещанским: фамилия не содержит суффиксов -ский или -цкий, типичных для дворян и семинаристов. Аглюлин — пример того, как тюркское по корню имя, пройдя через русскую уменьшительную форму и патронимический суффикс, стало звучать органично для русского уха, сохранив память о восточных корнях предка.