Фамилия Аграфеничев интересна тем, что обошла самую распространённую модель образования русских фамилий. Вместо привычного суффикса -ов здесь работает -ичев, а в основе лежит не разговорное, а церковнославянское имя Аграфена (каноническая форма Агриппины). В народе это имя превращалось в Груню или Агропину, но фамилия закрепила именно книжный, полный вариант.

Суффикс -ичев указывает на патроним: Аграфеничев — это «сын Аграфенича», то есть потомок человека, которого звали Аграфен. Такая модель отчества была характерна для запада и северо-запада России, где сказывалось влияние белорусской и польской традиции. Если бы фамилия образовалась по стандартной московской норме, она звучала бы как Аграфенов, но этого не произошло. Суффикс -ичев обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -а/-я, и имя Аграфен подходит под это правило идеально.

Здесь есть языковой парадокс: имя Аграфена в быту было женским, но фамилия Аграфеничев мужская по происхождению. Возможны два объяснения. Первое — так называемый матроним: в крестьянской среде мужчину могли прозвать по матери, если она была главной в доме. Второе, более правдоподобное: Аграфен — это обиходная форма редкого мужского имени Агриппин (от Агриппа), которое встречается в святцах. Фамилия закрепилась от отчества такого Аграфена.

Географически фамилия тяготеет к Центральной России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах Аграфеничевы встречаются в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях — там, где церковная форма имени соседствовала с местными говорами. Социально фамилия недворянская: её носители в XIX веке — государственные или помещичьи крестьяне, реже ремесленники и мелкие торговцы. Редкость фамилии — подарок для генеалога: совпадений по фамилии в одном уезде будет немного, что упрощает поиск предков.