Фамилия Аграфенина — редкий случай, когда в основе лежит не мужское, а женское имя. Её образовали от просторечной формы Аграфена, которая восходит к каноническому имени Агриппина. В свою очередь, Агриппина — женский вариант древнеримского родового имени Агриппа. С латыни его переводят как «родившийся вперед ногами»: так называли ребёнка, появившегося на свет в необычном положении. В православной традиции покровительницей имени считают святую мученицу Агриппину, день памяти которой приходится на 6 июля (23 июня по старому стилю).

Фамилия образована по типичной для русских фамилий модели: к основе Аграфенин- добавили суффикс -а, указывающий на принадлежность. Буквально Аграфенина означает «дочь или жена Аграфены». В крестьянской и мещанской среде XIX века такие «материнские» фамилии давали детям, если женщина была главой семьи, вдовой или просто пользовалась особым уважением в общине. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Аграфениных можно лишь на основании генеалогических исследований — процесс формирования фамилий был длительным и не всегда фиксировался в документах.

Среди известных носителей фамилии — Ольга Витальевна Аграфенина, продюсер и член Союза кинематографистов и Союза журналистов России. Она руководила проектом «Аннотированный каталог «Ленфильма» (1918–2003), участвовала в организации кинопраздника «Фильму «Золушка» — 60 лет» и многочисленных фестивалей «Ленфильма» в Риге, Хельсинки и Кёльне. Её деятельность показывает, что фамилия, уходящая корнями в простонародную среду, сегодня встречается в самых разных профессиональных кругах.