Фамилия Аграфенин ведёт происхождение от женского имени Аграфена. Это не церковная, а народная, просторечная форма канонического имени Агриппина, которое, в свою очередь, восходит к латинскому мужскому имени Агриппа. В переводе с латыни оно означает «родившийся вперёд ногами» — так в Древнем Риме называли младенца, появившегося на свет в трудном, ягодичном предлежании.

В православных святцах имя Агриппина связано с памятью святой мученицы, пострадавшей за веру в III веке. Её день приходится на 23 июня по юлианскому календарю (6 июля по новому стилю), что в народной традиции закрепило за этой датой название «Аграфена Купальница» — канун Ивана Купалы. Такое совпадение сделало имя Аграфена особенно распространённым в крестьянской среде, где церковное имя часто заменяли более привычным звучанием.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели на -ин, которая указывает на принадлежность: Аграфенин — это «сын или потомок Аграфены». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отцу, суффикс -ин в данном случае закрепляет связь по материнской линии. Это могло означать, что родоначальником фамилии стал человек, которого в быту называли по матери — вдове, одинокой женщине или просто по уважаемой в семье бабке Аграфене.

Фамилия редкая и локальная. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где имя Аграфена было особенно употребительно. В писцовых книгах и переписных листах XVII–XVIII веков можно найти отдельные упоминания крестьян и посадских людей с таким именем, но сама фамилия в документах фиксируется позже, уже в XIX веке, когда фамилии окончательно закрепились за податными сословиями.

Другие однокоренные фамилии — Аграфенов, Аграфенков, Аграфенский — встречаются ещё реже. Форма Аграфенин сохранила именно материнский суффикс, что делает её ценной для историков быта и социальной антропологии: она — живое напоминание о том, что в русской деревне родство не всегда считали только по отцу.