Фамилия Агрофенин — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не каноническое имя, а его народная, просторечная форма. Исходное имя — Агрофена, которое в русской традиции заменило церковное Агриппина. В крестьянской и купеческой среде имя Агриппина звучало слишком книжно, и его переделали на более привычный лад — Агрофена. От этой женской формы и пошла фамилия Агрофенин.

Модель образования типична для русских фамилий на -ин: к основе женского имени (Агрофен-) добавили притяжательный суффикс -ин, который в старину означал «чей?» — то есть сын Агрофены. В патриархальной России фамилии по матери давали реже, чем по отцу, но такое случалось, если мать была вдовой, имела сильный характер или её имя в окружении было более узнаваемым, чем имя мужа. Впрочем, не исключён и другой путь: Агрофеной могли прозвать мужчину, например, если он воспитывался матерью-одиночкой или работал в женском коллективе (повитухой, нянькой). Такие прозвища не были оскорбительными, а скорее указывали на бытовую особенность.

С точки зрения географии фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где просторечная форма Агрофена встречалась особенно часто. В документах XIX века носители фамилии фиксируются в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях — в среде государственных и бывших помещичьих крестьян. Дворянских родов с такой фамилией нет: слишком «низовая» основа, да и суффикс -ин в сочетании с женским именем редко встречался у высшего сословия.

Интересная деталь: в говорах имя Агрофена иногда сокращали до Груни, Груши, поэтому однокоренные фамилии Грунин, Грушин и даже Агрошин могут быть дальними «родственниками» Агрофенина. Но в случае с Агрофениным связь с полной формой имени прямая и бесспорная. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите Агрофенин, скорее всего, ваши предки жили в чернозёмной полосе России и принадлежали к крестьянскому сословию.