Фамилия Агужен — редкий случай, когда за привычным русским суффиксом -ен скрывается нерусская основа. В русской ономастике фамилии на -ен (Агужен, Гужен, Бужен) встречаются нечасто. Обычно они указывают на южнославянское или западнославянское происхождение, либо на адаптацию иноязычного прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с молдавской или румынской основой. Слово «агуцэ» (aguță) в молдавском языке означает «игла» или «колючка». В говорах это же слово могло звучать как «агуж» — так называли острого на язык человека, колкого насмешника, либо, в прямом смысле, портного или игольщика. Суффикс -ен — русский патронимический формант, который прикрепили к основе «Агуж» при обрусении фамилии. То есть Агужен — это «сын Агужа», а сам Агуж — прозвище, данное за характер или ремесло. Начальное «А» в фамилии может быть остатком артикля или просто особенностью произношения в говоре.

Менее вероятна связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «агуж» — вариант слова «агуз» (рот, уста). В этом случае прозвище относилось бы к говорливому или молчаливому человеку. Однако фонетически эта версия слабее: тюркские фамилии в русском оформлении обычно получали суффиксы -ов/-ев, а не -ен.

Географически фамилия Агужен тяготеет к югу России и Молдове. В дореволюционных списках она встречается в Бессарабской губернии и на Кубани — регионах, где исторически жили молдаване и румыны. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Если ваши предки носили её, они, вероятно, были выходцами из молдавских или румынских земель, а родоначальник получил прозвище за острый язык или профессию, связанную с иглой.