Фамилия Агужен — один из тех редких случаев, когда за привычным русским суффиксом -ен стоит не славянская, а, скорее всего, иноязычная основа. Сразу отметим: в русской ономастике фамилии на -ен (как Агужен, Гужен, Бужен) встречаются нечасто и обычно указывают на южнославянское или западнославянское происхождение, либо на адаптацию нерусского прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с молдавской или румынской основой. Слово «агуцэ» (aguță) в молдавском языке означает «игла» или «колючка». В говорах это же слово могло звучать как «агуж» — так называли острого на язык человека, колкого насмешника, либо, в прямом смысле, портного, игольщика. Суффикс -ен в данном случае — русский патронимический формант, который прикрепили к основе «Агуж» при обрусении фамилии. То есть Агужен — это «сын Агужа», а сам Агуж — прозвище, данное за характер или ремесло.

Менее вероятна, но возможна и связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «агуж» — вариант слова «агуз» (рот, уста). В этом случае прозвище могло относиться к говорливому или, наоборот, молчаливому человеку. Однако фонетически эта версия слабее: тюркские фамилии в русском оформлении обычно получали суффиксы -ов/-ев, а не -ен.

Географически фамилия Агужен тяготеет к югу России и Молдове. В дореволюционных списках она встречается в Бессарабской губернии и на Кубани — регионах, где исторически жили молдаване и румыны. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гужен (от «гуж» — петля, ремешок, или от того же румынского «гужа» — колючка), Бужен (возможно, от «бужа» — растение). Агужен стоит особняком из-за начального «А», которое может быть остатком артикля или просто особенностью произношения в говоре.

Итог: Агужен — фамилия-загадка с южноевропейским следом. Если ваши предки носили её, скорее всего, они были выходцами из молдавских или румынских земель, а родоначальник получил прозвище за острый язык или профессию, связанную с иглой.