Фамилия Альгужен — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить версию случайного искажения при переписи (такое тоже бывает), то наиболее вероятный корень лежит в тюркских языках, а точнее — в адыгском или карачаево-балкарском наречии. Основа «альгуж» или «алгуж» может восходить к слову со значением «взять» или «получить» (ср. балкарское «ал» — бери), но в сочетании с «гуж» (сила, мощь) прозвище могло означать «сильный, берущий силой» или «добытчик». В адыгской среде похожий корень встречается в именах и фамилиях, связанных с понятием «благо», «добро» (алъэ — благо).

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ен, который характерен для фамилий, возникших в среде крещёных инородцев или в зонах смешанного населения (например, в казачьих станицах или на Кавказе). Суффикс -ен в данном случае — это усечённый вариант -енко (украинское влияние) или адаптация тюркского окончания под русскую грамматику. То есть изначально прозвище Альгуж («силач» или «добытчик») получило типичный для фамилий формант, и закрепилось в документах как Альгужен.

Географически фамилия встречается в основном на юге России: в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди адыгской диаспоры. Это указывает на вероятную привязку к черкесскому или абазинскому этносу, который после Кавказской войны активно встраивался в российское сословное общество. Предки носителя фамилии могли быть вольными горцами, принявшими православие, или же крестьянами, получившими фамилию по прозвищу при записи в ревизские сказки.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Альгужев, Альгужин — показывает, что формант -ен встречается реже, чем -ев или -ин, что делает Альгужен скорее «исключением из правила». Возможно, фамилия закрепилась в единственном роду и не получила широкого распространения. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость: это не «книжный» случай, а живая локальная ономастика.

Таким образом, фамилия Альгужен — скорее всего, тюрко-адыгское прозвище, переоформленное русским суффиксом. Предки могли быть горцами-добытчиками или людьми с сильным характером, а сама фамилия сохранила память о языке и укладе, который почти исчез к концу XIX века.