Фамилия Аиндинов — редкий пример, где корень не бросается в глаза и требует разбора. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, остаётся основа Аиндин. Самое вероятное объяснение — это искажённая или диалектная форма от Анисим. В крестьянской среде, где грамотность была невысока, имя Анисим (из греческого Онисим, «полезный») нередко произносили как Анисим, Анисим, а в некоторых говорах — Аиндим. Замена «с» на «д» и стяжение гласных дали форму Аиндин, к которой и приросло -ов, обозначающее принадлежность: «сын Аиндина».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Айынды (в значении «ясный», «светлый»). В таком случае фамилия могла возникнуть у татарских или башкирских родов, принявших православие. Однако русская модель образования через суффикс -ов и отсутствие характерных тюркских аффиксов делают эту гипотезу слабее.

Географически фамилия встречается крайне редко, единичные записи тяготеют к центральным и южнорусским областям — там, где акающие говоры могли превратить Анисима в Аиндина. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: в дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.

В написании стоит обратить внимание на двойное «и» в корне: Аиндинов, а не Аиндинов. Это не опечатка, а следствие редукции гласных: ударение, вероятно, падает на второй слог — Аиндинов, что и сохранило первый звук «а» без перехода в «о».