Фамилия Аисимов — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, не поддаётся очевидной расшифровке. В ней нет привычного корня, указывающего на профессию или внешность. Ключ к разгадке — в суффиксе -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность к отцу или главе семьи. Значит, Аисимов — это «сын Аисима» или «человек из рода Аисима». Но что такое «Аисим»?

Самая вероятная версия — это искажённая форма крестильного имени. В русской среде, особенно в крестьянской и мещанской, греческие и еврейские имена часто адаптировались до неузнаваемости под влиянием местных говоров. Аисим могло возникнуть от имени Иоаким (в бытовом варианте — Яким, Аким). Переход «Аким» в «Аисим» возможен через диалектное произношение: в некоторых говорах звук «к» перед «и» смягчался и переходил в «с» или «ц», а гласные могли меняться местами. Подтверждение этой версии — существование фамилии Якимов, которая встречается в сотни раз чаще, а Аисимов — её редкий фонетический двойник.

Менее распространённая гипотеза связывает Аисимова с тюркскими корнями, но она слабее. В татарском или башкирском языках есть имя Айсим (от «ай» — луна, месяц и «сим» — знак, метка), но фамилии с таким окончанием обычно оформляются суффиксом -ин или вовсе не имеют суффикса. Форма на -ов для тюркских фамилий тоже возможна, но маловероятна для конкретного случая, так как фамилия не зафиксирована в массовых списках татарских родов.

Географически Аисимовы встречаются разрозненно, без ярко выраженного гнезда. Можно предположить, что предки носителя фамилии жили в регионе, где было распространено диалектное произношение (например, в северных или южнорусских областях), и были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми. Фамилия недворянская: в родословных книгах и списках служилых людей она не упоминается, что подтверждает её «низовое» происхождение — от прозвища или искажённого имени, записанного при переписи.