Фамилия Акбарходжаев — редкий случай, когда в одной основе соединились арабский и персидский компоненты, а сама фамилия прямо указывает на происхождение из духовного сословия. Она образована от мужского личного имени Акбарходжа, которое состоит из двух частей: «Акбар» (араб. «величайший», один из эпитетов Аллаха) и «ходжа» (перс. «господин», «наставник», «хозяин»). В мусульманской среде Средней Азии «ходжа» — не просто уважительное обращение, а указатель на принадлежность к потомкам пророка Мухаммеда или на духовный сан. Полное имя Акбарходжа можно перевести как «Величайший господин» или «Великий наставник».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Акбарходжа добавили суффикс -ев, который в тюркоязычных регионах (особенно в Узбекистане, Таджикистане) стал стандартным способом русификации местных фамилий в XIX–XX веках. Выбрали -ев, а не -ов, из-за мягкого окончания основы на «а». Такая модель типична для фамилий, которые фиксировали в документах Российской империи и позже в советских паспортах. Интересно, что в отличие от многих арабо-персидских имён, где «Акбар» встречается часто (Акбаров, Акбаралиев), сочетание с «ходжа» встречается редко. Это делает фамилию Акбарходжаев не просто указателем на вероисповедание, а маркером конкретной родословной линии, возможно, известной в своём регионе.

Географически фамилия почти наверняка связана с территорией современного Узбекистана, реже — Таджикистана. Носители такой фамилии, скорее всего, происходят из семей потомственных религиозных деятелей или купцов, которые вели род от ходжей. В советское время фамилия утратила прямое сословное значение, но сохранила память о социальном статусе предков. В современных справочниках фамилия нечастотна, и её носители — это в основном жители Узбекистана и выходцы оттуда в диаспоре.