Фамилия Акбарходжаева — одна из тех, что не вписывается в привычную русскую модель «Иван — Иванов — Иванович». Она целиком пришла из тюрко-персидского ономастикона, и чтобы её понять, нужно разобрать имя, а не фамилию. Основа здесь — сложное мужское имя Акбарходжа, которое и стало родовым прозванием.

Первая часть, «Акбар», — арабского происхождения, означает «величайший», «старший». Это одна из форм имени Аллаха (Аллаху акбар — «Аллах велик»), но в личных именах мусульманских народов оно часто выступало как пожелание величия или как указание на старшинство среди детей. Вторая часть, «ходжа», — персидское слово, означающее «господин», «хозяин», «наставник». В Средней Азии так называли потомков пророка Мухаммеда, а также уважаемых купцов, духовных лиц и учителей (в частности, в среде суфийских орденов). Таким образом, имя Акбарходжа переводится примерно как «великий господин» или «старший наставник».

Фамилия образована по русскому патронимическому образцу: к основе мужского имени Акбарходжа добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после шипящих и мягких согласных) и женское окончание -а. То есть Акбарходжаева — это «дочь или жена Акбарходжи». Поскольку фамилия женского рода, её носительница — женщина. Мужской вариант — Акбарходжаев.

Носители фамилии — почти исключительно узбеки и таджики, реже — другие народы Центральной Азии. В России и странах бывшего СССР фамилия встречается преимущественно в Ташкенте, Самарканде, Ферганской долине, а также в диаспорах. Она указывает на то, что предок носителя был человеком заметным в своей общине: либо потомком духовного авторитета (ходжи), либо старшим в роду, либо купцом, получившим это имя-титул при жизни. Сословных перегородок в привычном российском понимании (дворяне, мещане) у этой фамилии нет — её социальный контекст задан исламской традицией и восточной иерархией, где «ходжа» стоял выше простого ремесленника или крестьянина.