Фамилия Ахиджанян — яркий пример армянской модели фамилии, построенной по принципу «основа + патронимический суффикс». В данном случае работает суффикс -ян, который в армянской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: он указывает на принадлежность, происхождение, буквально «из рода такого-то». Это самый распространённый фамильный формант в Армении, вытеснивший более древние -янц и -енц.

Основа фамилии — Ахиджан — скорее всего, представляет собой сложносоставное личное имя или прозвище. В тюркских языках, с которыми армянский язык веками соседствовал, «ахи» (ahi) означает «брат», «щедрый», «благородный», а также отсылает к членам суфийского братства ахи — средневековых ремесленных и торговых корпораций. Вторая часть, «джан» (can), — это тюркское слово «душа», «жизнь», которое в армянском и других языках региона стало ласковым обращением (как «дорогой»). Таким образом, Ахиджан можно перевести как «брат-душа» или «щедрая душа» — типичное для Востока комплиментарное прозвище, которое могло закрепиться как имя.

Вероятнее всего, фамилия Ахиджанян происходит из Западной Армении или из регионов, где армяне жили в плотном контакте с тюркоязычным населением (исторические области Васпуракан, Ахлат, а также Киликия). Носители фамилии, скорее всего, были ремесленниками или торговцами, поскольку слово «ахи» в тюркской среде прямо указывало на цеховую организацию. В армянской среде это значение могло стереться, и имя осталось как личное, а затем перешло в фамилию.

Интересно, что фамилия не содержит армянского топонимического или профессионального суффикса (как -цян для уроженцев городов), а построена на чисто антропонимической основе. Это говорит о том, что предок носителя был известен именно под этим прозвищем-именем, а не по месту жительства или занятию. Встречаются варианты написания Ахиджанян и Ахиджанянц — последний более архаичный, сохранивший старый суффикс принадлежности.