Фамилия Ахиджанов — одна из тех, где корень ясно указывает на восточное, скорее всего тюрко-персидское происхождение, а суффикс — на русскую модель оформления. Разберем её по частям.

Основа фамилии — личное имя Ахиджан. Оно составное: первая часть «Ахи» (или «Ахы») восходит к арабскому «ахи» — «мой брат». В тюркских языках это слово часто входило в состав имён как элемент уважения или духовного родства (ср. Ахмед, Ахмет). Вторая часть «джан» — персидское слово, означающее «душа», «жизнь», «дорогой». В именах оно выполняет функцию ласкательного или уважительного компонента (например, Гюльджан — «цветок души», Рустамджан). Таким образом, имя Ахиджан можно перевести как «брат-душа» или «дорогой брат» — типичное для Средней Азии составное имя, подчёркивающее близость и теплоту отношений.

Русский суффикс -ов присоединился к этому имени по стандартной модели, когда фамилии образовывались от имён отцов: «чей сын?» — Ахиджанов, то есть потомок Ахиджана. Такая модель массово закрепилась у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно в XIX–XX веках, при переходе на русскую паспортную систему.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены тюркские языки с сильным персидским влиянием: Узбекистан, Таджикистан, юг Казахстана, отчасти Киргизия. В России её носители — чаще всего потомки переселенцев или мигрантов из этих областей. Встречается и вариант написания «Ахиджанов» с буквой «х» — это передача звука, близкого к арабскому «х» (ха), который в некоторых диалектах произносится твёрже, чем русское «х».

Сословная принадлежность предков не определяется однозначно: имя Ахиджан мог носить и ремесленник, и торговец, и духовное лицо. Единственное, что можно утверждать — фамилия не является аристократической или княжеской, так как образована от личного имени, а не от титула или географического названия. Она фиксирует семейную историю, уходящую корнями в дореволюционную Среднюю Азию, где имя отца становилось фамилией сына при оформлении документов.