Фамилия Ахиджанова — женская форма фамилии Ахиджанов, и её происхождение почти наверняка тюркское. Основа — составное имя Ахиджан. Первая часть, «ахи», восходит к арабскому «ахи» — «брат». В суфийской среде это слово часто означало «духовный брат» или «посвящённый». Вторая часть — «джан» (персидское «душа», «жизнь»). В тюркских языках — татарском, башкирском, казахском, а также у народов Средней Азии — такие двусоставные имена с элементом «джан» были распространённым способом выразить ласку, уважение или религиозную привязанность. Ахиджан буквально переводится как «брат-душа» или «духовный брат». Имя могло быть как личным, так и почётным прозвищем.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ахиджан прибавлен патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ахиджана» (в женском варианте — -ова). Это прямо указывает: предок носителя фамилии носил имя или прозвище Ахиджан. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но здесь он «наложился» на нерусскую основу. Такая модель характерна для фамилий татарских, башкирских, азербайджанских мурз и служилых людей, которые переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Ахиджанова встречается в регионах с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и в Средней Азии. Фамилия редкая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска — найти носителей несложно, а круг возможных родственников узок. Сословно предки могли быть как духовными лицами (суфийские шейхи, муллы), так и купцами или служилыми татарами. Религиозный оттенок имени Ахиджан склоняет скорее к первой версии.

Если сравнивать Ахиджанову с однокоренными фамилиями — Ахиев, Ахитов, Ахин — она выделяется именно составной основой с «джан». Это указывает на более позднюю или более «книжную» традицию имянаречения, характерную для образованной среды, где ценились сложные арабо-персидские конструкции. В написании фамилии возможны варианты с буквой «г» (Агиджанова), но исходная форма с «х» фонетически точнее передаёт арабский корень.