Фамилия Ахиджанова — женская форма фамилии Ахиджанов, которая почти наверняка имеет тюркское происхождение. Её основа — составное имя Ахиджан, где первая часть «ахи» восходит к арабскому «ахи» — «брат» (часто в суфийской среде означало «духовный брат», «посвящённый»), а вторая — «джан» (персидское «душа», «жизнь»). В тюркских языках, особенно в татарском, башкирском, казахском, а также у народов Средней Азии, такие двусоставные имена с элементом «джан» были распространённым способом выразить ласку, уважение или религиозную привязанность: «брат-душа», «духовный брат». Имя Ахиджан, таким образом, могло быть прозвищем или почётным именованием.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ахиджан прибавлен патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ахиджана» (в женском варианте — -ова). Это указывает, что предок носителя фамилии был человеком по имени или прозвищу Ахиджан. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но в данном случае он «наложился» на нерусскую основу, что характерно для фамилий татарских, башкирских, азербайджанских мурз и служилых людей, перешедших на русскую службу и получивших фамилии по отцу.

Географически фамилия Ахиджанова встречается в регионах с компактным проживанием татар и башкир (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области), а также в Средней Азии. Встречается она нечасто: это редкая фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска. Сословно предки могли быть как духовными лицами (суфийские шейхи, муллы), так и купцами или служилыми татарами, поскольку имя Ахиджан несёт религиозный оттенок.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Ахиев, Ахитов, Ахин — то Ахиджанова выделяется именно составной основой с «джан», что указывает на более позднюю или более «книжную» традицию имянаречения, характерную для образованной среды. В написании фамилии возможны варианты с буквой «х» или «г» (Агиджанова), но исходная форма с «х» фонетически точнее передаёт арабский корень.