Фамилия Ахмаджонов — яркий пример того, как русская модель патронимии (отчества через суффикс -ов) наложилась на арабско-персидское имяобразование. В основе лежит сложное имя Ахмаджон. Корень «Ахмад» (один из эпитетов пророка Мухаммада, значит «самый восхваляемый») — арабский. Вторая часть «джон» — персидская, означает «душа» или «жизнь». В составе имени «джон» выполняет роль ласкательного суффикса, выражающего нежность и уважение. Ахмаджон — это «дорогой, любимый Ахмад», «Ахмад-душа». Такая модель (арабское имя + персидский ласкательный компонент) широко распространена в Средней Азии, особенно среди таджиков и узбеков.

Фамилия образована по русскому типу: к основе Ахмаджон прибавили стандартный суффикс -ов, который в русской традиции указывает на принадлежность («чей?» — Ахмаджонов, то есть сын Ахмаджона). Это типичная «русификация» фамилий народов бывшего СССР, когда в советский период к местным именам и прозвищам добавляли русские патронимические суффиксы для унификации документооборота. При этом в самой Средней Азии фамилия могла бы выглядеть как Ахмаджони или Ахмаджонзода — с местными показателями родства. Встречающийся вариант Ахмаджанов — это упрощение: отпал компонент «джон» и осталась только основа Ахмаджан, что не меняет смысла, но меняет звучание.

Географически носители фамилии Ахмаджонов сосредоточены в Узбекистане, Таджикистане, а также в диаспорах в России и Казахстане. В русскоязычной среде фамилия часто вызывает вопросы из-за стечения согласных «дж», которое несвойственно русской фонетике. Но именно это сочетание — маркер среднеазиатского происхождения: в персидском и тюркских языках звук «дж» (как в английском «John») — обычное дело. Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми, которых в семье ласково называли Ахмаджон, а затем это обращение закрепилось как официальная фамилия. Сословного барьера здесь нет: такую фамилию мог получить и крестьянин, и ремесленник, и торговец — всё зависело от того, как имя записали в первых советских паспортах.