Фамилия Ахмаджонов — наглядный пример того, как в XX веке русская модель патронимии наложилась на арабо-персидское имя. Её основа — сложное имя Ахмаджон. Первая часть, «Ахмад», восходит к арабскому корню со значением «самый восхваляемый» — это один из эпитетов пророка Мухаммада. Вторая часть, «джон», пришла из персидского языка, где означает «душа» или «жизнь». В составе имени «джон» выполняет роль ласкательного суффикса, выражающего нежность и уважение. Таким образом, Ахмаджон — это «дорогой, любимый Ахмад», «Ахмад-душа». Такая модель (арабское имя + персидский ласкательный компонент) широко распространена в Средней Азии, особенно среди таджиков и узбеков.

Сама фамилия образована по русскому типу: к основе Ахмаджон прибавили стандартный суффикс -ов, который в русской традиции указывает на принадлежность («чей?» — Ахмаджонов, то есть сын Ахмаджона). Это типичная «русификация» фамилий народов бывшего СССР: в советский период к местным именам и прозвищам добавляли русские патронимические суффиксы для унификации документооборота. Если бы фамилия складывалась по местным правилам, она могла бы выглядеть как Ахмаджони или Ахмаджонзода — с показателями родства, принятыми в персидском и тюркских языках. Встречающийся вариант Ахмаджанов — это упрощение: отпал компонент «джон», и осталась только основа Ахмаджан. Смысл не меняется, но звучание становится ближе к русской фонетике.

Географически носители фамилии Ахмаджонов сосредоточены в Узбекистане, Таджикистане, а также в диаспорах в России и Казахстане. В русскоязычной среде фамилия часто вызывает вопросы из-за стечения согласных «дж», которое несвойственно русской фонетике. Но именно это сочетание — маркер среднеазиатского происхождения: в персидском и тюркских языках звук «дж» (как в английском John) — обычное дело.

Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми, которых в семье ласково называли Ахмаджон, а затем это обращение закрепилось как официальная фамилия. Сословного барьера здесь нет: такую фамилию мог получить и крестьянин, и ремесленник, и торговец — всё зависело от того, как имя записали в первых советских паспортах.