Фамилия Ахматбекова — тюркская по происхождению. Это женская форма мужской фамилии Ахматбеков, построенная по классической для тюркских языков модели: личное имя плюс титул «бек» (господин, князь). Основа — имя Ахмат (или Ахмет) арабского корня, означающее «восхваляемый»; это один из эпитетов пророка Мухаммеда. Суффикс -ов/-ев, типичный для русских фамилий, указывает на адаптацию к русской грамматике: в казахском, татарском, киргизском и других языках фамилия звучала бы как Ахматбек или Ахметбек, без окончания.

Такая составная модель — имя + бек — характерна для знатных или уважаемых родов Средней Азии и Кавказа. «Бек» добавляли к имени отца или предка, подчёркивая его статус, и со временем это сочетание закрепилось как наследственная фамилия. Ахматбековыми, скорее всего, называли потомков человека по имени Ахмат, который носил титул бека. Носители фамилии встречаются в основном среди народов, сохранивших память о сословных титулах: у казахов, киргизов, татар, узбеков, а также у народов Дагестана.

Окончание -ова в русском языке обозначает принадлежность к роду по женской линии. В документах и быту форма Ахматбекова может принадлежать как женщине (дочери или жене Ахматбекова), так и быть исходной фамилией семьи, если запись сделали через женское окончание. В тюркской среде такое окончание часто появлялось при русификации фамилий в советское время, когда метрики и паспорта заполняли на русском языке. Прямые параллели с русскими дворянскими фамилиями искать не стоит: Ахматбекова — не из «Рода дворян», а из числа почётных родов, где титул «бек» передавался по наследству, но не всегда означал землевладение. Встречается фамилия и в форме Ахметбекова — с заменой «а» на «е» во втором слоге, что отражает диалектное произношение имени Ахмет. Разница в написании не меняет значения: основа та же — «восхваляемый господин».