Фамилия Ахматбекова — тюркская по происхождению, женская форма мужской фамилии Ахматбеков. Она образована по распространённой в тюркских языках модели: личное имя + титул «бек» (господин, князь). В основе лежит имя Ахмат (Ахмет), арабского корня, означающее «восхваляемый» — один из эпитетов пророка Мухаммеда. Суффикс -ов/-ев, типичный для русских фамилий, указывает на адаптацию к русской грамматике: в казахском, татарском, киргизском и других языках фамилия звучала бы как Ахматбек или Ахметбек, без окончания.

Такая модель — имя + бек — характерна для знатных или уважаемых родов в Средней Азии и на Кавказе. «Бек» добавлялся к имени отца или предка, чтобы подчеркнуть его статус. Со временем это сочетание закрепилось как наследственная фамилия. Ахматбековыми, скорее всего, называли потомков человека по имени Ахмат, который носил титул бека. Носители фамилии в основном встречаются среди народов, где сохранилась память о сословных титулах: у казахов, киргизов, татар, узбеков, а также у народов Дагестана.

Особенность фамилии — окончание -ова, которое в русском языке обозначает принадлежность к роду по женской линии. В документах и быту форма Ахматбекова может принадлежать как женщине (дочери или жене Ахматбекова), так и быть исходной фамилией семьи, если запись сделана через женское окончание. В тюркской среде такое окончание часто появлялось при русификации фамилий в советское время, когда метрики и паспорта заполняли на русском языке.

Искать прямые параллели с русскими дворянскими фамилиями не стоит: Ахматбекова — не из «Рода дворян», а из числа почётных родов, где титул «бек» передавался по наследству, но не всегда означал землевладение. Встречается фамилия и в форме Ахметбекова — с заменой «а» на «е» во втором слоге, что отражает диалектное произношение имени Ахмет. Разница в написании не меняет значения: основа та же — восхваляемый господин.