Фамилия Ахмуллаев — редкий случай, когда основа почти наверняка восходит к арабскому имени, а вот суффикс указывает на географию, далёкую от арабского мира. Разберём по частям.

Корень фамилии — личное имя Ахмулла. Это один из вариантов передачи арабского имени Ахмадулла (или Ахматулла), что значит «восхваляющий Аллаха» или «раб Аллаха, достойный хвалы». В тюркских языках, особенно в башкирском и татарском, имя Ахмадулла под влиянием местного произношения могло утратить срединный слог и превратиться в Ахмулла. Такая редукция («стягивание» длинных имён) — обычное дело для устной речи: долгое имя сокращают до более удобного звучания.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий по принципу «чей?» — то есть «сын Ахмуллы». Но здесь важна оговорка: фамилии на -ев у тюркских народов не означают, что предки были русскими. Это результат делопроизводства Российской империи: при переписях и записях в метрические книги нерусским именам механически приписывали русский патронимический суффикс. Поэтому Ахмуллаев — типичная фамилия для башкир, татар, реже — для казахов и других мусульманских народов Поволжья и Урала, где имя Ахмулла (Ахмадулла) было распространено.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые могут образовываться от прозвищ и названий профессий, фамилии на -ев от арабских имён почти всегда строго патронимичны. Предок носителя фамилии, скорее всего, звался Ахмуллой. Кем он был по сословию — сказать сложно: имя встречалось и среди мулл, и среди крестьян, и среди торговцев. Но сам факт, что фамилия не получила дополнительного суффикса вроде -ский или -ин, говорит о том, что она сложилась в крестьянской или мещанской среде, где фамилии часто давали по отцу без лишних формальностей.

Встречается также вариант написания Ахматуллаев — он ближе к исходному арабскому имени, но встречается реже. Ахмуллаев — это уже местная, «обкатанная» языком форма, которая закрепилась в документах именно в таком виде.