Фамилия Акмуллаева — редкий случай, когда русская по форме фамилия хранит в основе тюркское имя-прозвище. Её корень — имя Акмулла, которое с башкирского и татарского переводится как «белый (святой, чистый) мулла»: ак — «белый», «святой», мулла — мусульманский священнослужитель. Это не бытовая профессия, а прозвище человека, которого уважали за чистоту помыслов или особую религиозность, либо личное имя, данное в честь почитаемого духовного лица.

Образование фамилии идёт по типичной русской модели: к основе на мягкий согласный (Акмулла) добавили патронимический суффикс -ев. Получилась форма «Акмуллаев» — буквально «чей сын? — Акмуллаев». Женский вариант Акмуллаева следует той же схеме. Такое оформление указывает, что предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами или представителями других тюркских народов, жившими в смешанной с русскими среде, где фамилии подстраивали под русский образец.

Фамилия прямо связана с известным башкирским поэтом-просветителем XIX века Мифтахетдином Акмуллой. Его настоящее имя — Мифтахетдин Камалетдинов, но псевдоним «Акмулла» стал вторым именем, а затем и фамилией для потомков. Однако не стоит думать, что все Акмуллаевы — прямые родственники поэта. Имя Акмулла как прозвище или личное имя бытовало в тюркской среде независимо, и фамилия могла возникнуть в разных родах, не связанных с поэтом. В ономастике такие совпадения нередки: известная личность закрепляет фамилию в истории, но её корни могут быть шире.

Географически фамилия Акмуллаева встречается преимущественно в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах исторического проживания башкир и татар. Это типичная «региональная» фамилия, почти не встречающаяся за пределами Урало-Поволжья. Её носители, вероятнее всего, происходят из среды мусульманского духовенства или уважаемых в общине людей, а сама фамилия — живое свидетельство тюркско-русского культурного пограничья.