Фамилия Ахотин — редкий случай, где на первый план выходит не корень, а суффикс. В ней отчетливо читается патронимическая модель на -ин: так в русской традиции образовывали фамилии от основ на -а или -я (ср. Пушкин от Пушка, Ильин от Илья). Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Ахота.

Самое правдоподобное объяснение — это производное от крестильного имени Афанасий в его просторечной форме. В народном произношении Афанасий нередко сокращался до Афоня, Афоня — до Ахота (с утратой начального гласного и упрощением). Такая модель встречается: Ахоня от Афанасий фиксируется в старых писцовых книгах. Если так, то Ахотин — «сын Ахоты», то есть потомок человека, которого в быту звали Ахотой вместо полного Афанасия.

Менее вероятна связь с тюркским словом ахот — «охота» или «желание». Для русского уха это звучит как калька с тюркского, но фамилии от нарицательных существительных такого рода в центральной России нехарактерны; они скорее появились бы у народов Поволжья, но там суффикс -ин редок. Версия с Афанасием проще и объясняет, почему фамилия встречается в основном в северных и центральных губерниях — там, где имя Афанасий было особенно распространено.

Географически Ахотины рассеяны негусто. Если судить по архивным данным XIX века, носители фамилии жили в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — как раз в зоне активного бытования уменьшительных форм от Афанасия. Сословно это были в основном крестьяне и мещане, реже — священнослужители (в духовной среде тоже не чурались народных вариантов имени).

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила редкую промежуточную форму Ахота, которая почти не дошла до нас в качестве самостоятельного имени. Это своего рода лингвистическая окаменелость: по ней видно, как в живой речи «переплавлялось» греческое имя Афанасий (бессмертный), пройдя через стадии Афоня → Ахоня → Ахота.