Фамилия Ахонин — один из тех случаев, где привычный на слух суффикс -ин скрывает неочевидную основу. В русских фамилиях этот суффикс чаще всего указывает на принадлежность: «чей?» — сын Ахо́ни. Но вот само имя или прозвище Ахо́ня — штука редкая и неоднозначная.

Самая вероятная версия связывает Ахоню с крестильным именем Афанасий. В народной речи это имя претерпевало множество сокращений: Афоня, Фоня, Ахоня. Переход «ф» в «х» — явление нередкое для русских говоров (сравните: «кохта» вместо «кофта»). Таким образом, Ахонин — это потомок человека, которого в быту звали Ахоней, то есть Афанасием. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин от имён на -а и -я особенно распространены.

Существует и альтернативное, менее вероятное объяснение: от тюркского слова «ахун» (духовное лицо, мулла) или от татарского «ак» (белый) с уменьшительным суффиксом. Однако в русской ономастике такие заимствования обычно оставляют более прозрачные следы — фамилии вроде Ахунов или Ахундов. Для Ахонина же тюркская версия выглядит натяжкой: суффикс -ин и окончание на -я (Ахоня) указывают на славянскую, а не на тюркскую модель словообразования.

Географически фамилия Ахонин тяготеет к Вятке и Поволжью. В старых переписях Вятской губернии (например, в Котельническом уезде) встречаются крестьяне Ахонины. Это косвенно подтверждает версию с Афанасием: в вятских говорах имя Афанасий как раз нередко звучало как «Ахоня». Других известных носителей, оставивших след в истории, по этой фамилии не зафиксировано — перед нами типичная крестьянская фамилия, образованная от обиходной формы имени.