Фамилия Ахонина — женская форма, а её мужской вариант — Ахонин. С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть в основе лежит личное имя или прозвище Ахоня. Вопрос только в том, что это за имя.

Самая прямая версия отсылает к крестильному имени Афанасий. В русской народной речи его переделывали во множество сокращённых форм: Афоня, Ахоня, Охоня. Переход «ф» в «х» — обычное дело для диалектов, где звук [ф] был чуждым. Так, Ахоня — это просто один из вариантов домашнего имени Афанасий, а значит, предок носительницы фамилии был, скорее всего, Афанасием. Фамилии от Афанасия — одни из самых частых в России, но форма Ахонин встречается реже, чем, скажем, Афанасьев или Фонякин.

Есть и более редкая возможность. В некоторых говорах «ахоня» могло быть прозвищем — так могли назвать нерасторопного, медлительного или, наоборот, бестолкового человека. Глагол «ахать» в значении «охать, вздыхать» тоже мог породить подобное прозвище для того, кто часто ахал. Однако эта версия выглядит менее убедительной: прозвища от глаголов вздоха обычно не давали целого пласта фамилий, а вот уменьшительные формы имён — давали постоянно.

Географически фамилия Ахонин не привязана к одной узкой области, но заметна в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектные формы имён на «х» были особенно распространены. Встречается она и в Поволжье.

Таким образом, если вы ищете происхождение фамилии Ахонина, с высокой вероятностью ваш предок по мужской линии носил имя Афанасий и был известен в своей деревне как Ахоня. Фамилия эта — не дворянская, а крестьянская или мещанская, появившаяся в среде, где фамилии давали по отцу, используя его обиходное, а не полное церковное имя.