Фамилия Ахронина — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначному толкованию в рамках русской лексики. На первый взгляд, корень «ахрон» кажется заимствованным или искусственным, но при внимательном разборе вырисовывается логичная картина.

Ключ к разгадке — суффикс «-ин», который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Ахронин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ахрон. Само же прозвище Ахрон, скорее всего, восходит к греческому слову «ахронос» (ἄχρονος) — «безвременный», «вечный», или к «ахрония» — отсутствие времени. В церковной среде, особенно среди греческого духовенства, такое имя-прозвище могло даваться монаху или священнику как символ отрешённости от мирской суеты. Другая, более прозаичная версия связывает Ахрона с диалектным вариантом имени Арон (библейский Аарон). В южнорусских и украинских говорах начальное «а» нередко переходило в «ах» под влиянием аканья и придыхания: «Арон» произносилось как «Ахрон».

Таким образом, предок носительницы фамилии Ахронина мог быть либо человеком с прозвищем, указывающим на его «вневременной» характер или духовный сан, либо потомком Аарона, чьё имя в просторечии исказилось. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её нерусское происхождение или узколокальное бытование. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская, но не исключено, что первоначально фамилия возникла в среде духовенства, где греческие корни были обычным делом.