Фамилия Ахонова — женская форма фамилии Ахонов, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем, от которого она образована. Скорее всего, в основе лежит тюркское или арабское имя Ахон (или Ахан), которое в разных диалектах могло означать «владыка», «господин» или «наставник». В среде народов Кавказа и Поволжья имя Ахон нередко давали уважаемым людям — старейшинам или религиозным деятелям. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть человеком, носившим это имя, или получить прозвище за свой авторитет.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от иноязычных основ: к имени Ахон добавили притяжательный суффикс, чтобы обозначить принадлежность («чей?» — Ахонов). Первоначально так называли сына или потомка Ахона. Фамилия могла закрепиться в среде татар, башкир, азербайджанцев или других тюркоязычных народов, которые входили в состав Российской империи и принимали русские фамилии по документам.

Географически фамилия Ахонова встречается преимущественно в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе, а также в среде выходцев из Средней Азии. Однако из-за миграций её можно встретить и в центральных областях России. В написании возможны варианты через «о» или «а» в корне (Ахонов/Аханов), но форма Ахонова — одна из самых устойчивых.

Однокоренные фамилии — Аханов, Ахонян, Ахонский — различаются по суффиксам и регионам бытования. Например, Ахонян — армянский вариант, а Ахонский мог возникнуть у поляков или украинцев. Фамилия Ахонова не слишком распространена, но её носители могут проследить свои корни до конкретного предка, чьё имя или прозвище стало родовым знаком.