Фамилия Ахунбаев — пример того, как тюркское духовное звание стало основой для русской фамилии. Её ядро — слово «ахун». В исламской среде у народов Кавказа и Средней Азии так называли учёного богослова, имама или судью, разбиравшего религиозные дела. Корень восходит к персидскому «ахунд» (آخوند) — «наставник», «учитель». В тюркских языках форма «ахун» закрепилась как почетный титул для духовного лица, часто выше простого муллы.

К основе «Ахун» добавлен тюркский патронимический формант «-бай», который в дословном переводе означает «богач», «господин», «хозяин». В составе фамилий он выполнял другую роль: указывал на принадлежность к роду или на то, что человек является «господином» по отношению к носителю имени. Сочетание «Ахунбай» буквально читается как «господин-ахун» или «богатый ахун», но в ономастике это следует понимать как «принадлежащий роду Ахунбая» или «сын Ахунбая». Имя Ахунбай давали мальчикам в семьях, где хотели подчеркнуть связь с религиозным авторитетом или пожелать ребёнку уважения и достатка.

Фамилия Ахунбаев образована по русской модели: к тюркскому имени Ахунбай добавили русский суффикс -ев, обозначающий принадлежность («чей?»). Это типичная история для фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, которые вошли в состав Российской империи: местное имя адаптировали под русскую грамматику. Фонетический переход «-бай» в «-баев» — стандартное явление, когда конечное «й» заменяется на «ев» (ср. Акбай — Акбаев, Кутлубай — Кутлубаев).

Географически фамилия Ахунбаев наиболее распространена в Узбекистане, Киргизии и среди башкир и татар. Встречается она и у казахов, но реже. В дореволюционных записях по Оренбургской и Уфимской губерниям можно найти Ахунбаевых среди тептярей и башкир-вотчинников — то есть не в среде крепостных крестьян, а в сословиях, сохранявших самоуправление и земельные права. Это косвенно подтверждает, что основатель рода был человеком заметным, возможно, действительно связанным с духовенством или старшиной.

Если разбирать фамилию по частям, то суффикс -ев здесь не несёт дополнительного смысла — это чисто русский грамматический хвостик, а вся смысловая нагрузка лежит на тюркском имени-основе. Отдельно стоит отметить, что в отличие от многих фамилий на -ов/-ев, где корень — прозвище или профессия (Кузнецов, Попов), здесь корень — это уже готовое личное имя, что делает Ахунбаева типичной «именной» фамилией, без намёка на ремесло или внешность предка.