Фамилия Ахунов образована от тюркского мужского имени Ахун. В переводе на русский язык это имя означает «господин». Имя, а затем и фамилия, указывают на социальные ожидания или реальное положение. Нарекая ребенка Ахуном, родители вкладывали пожелание, чтобы сын вырос достойным человеком, которого будут уважать в обществе. Не исключено, что такое имя давали детям и в привилегированных слоях, подчеркивая статус семьи.

Фамилия построена по простой и распространенной в русской среде модели — к основе «Ахун» добавлен патронимический суффикс -ов. Этот суффикс, типичный для русских фамилий, означает «сын» или «потомок». Таким образом, Ахунов — это буквально «сын Ахуна». Такая модель говорит о том, что фамилия возникла в среде, где русский язык активно взаимодействовал с тюркскими наречиями, скорее всего, в Поволжье, на Урале или в Сибири, у татар, башкир или других тюркоязычных народов, вошедших в состав Российского государства.

Слово «ахун» имеет и другое, более конкретное значение. В исламской среде ахуном называли духовное лицо, знатока Корана, иногда — старшего муллу или судью. Поэтому вторая, не менее правдоподобная версия происхождения фамилии — профессиональная. Ахунов мог быть потомком человека, который занимал должность ахуна при мечети или в общине. В этом случае фамилия фиксирует не личное имя, а род занятий предка, перешедшее в наследственное прозвание.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять ареал распространения. Фамилии Ахунов, Ахуновский, Ахундов (с иранским суффиксом) встречаются у татар, башкир, азербайджанцев и народов Северного Кавказа. В русских архивных документах фамилия фиксируется с XVII–XVIII веков, что совпадает с периодом активного включения тюркской знати и духовенства в систему российского дворянства и служилого сословия.