Фамилия Ахундов образована от мусульманского имени Ахунд (или Ахун), которое в переводе с персидского означает «наставляющий на путь истины», «учитель, наставник» или «близкий человек». Однако не исключено, что в основе фамилии Ахундов лежит не имя, а прозвище Ахунд, указывающее на социальный статус предка. Ахундами называются мусульманские ученые высшего разряда, богословы и служители культа, стоящие выше муллы.