Фамилия Ахундов происходит от мусульманского титула «ахунд» (или «ахун»). Это слово персидского происхождения означает «наставляющий на путь истины», «учитель» или «наставник». В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён, Ахундов напрямую указывает на социальный статус предка: ахундами в исламе называли учёных-богословов высшего разряда, стоящих выше обычного муллы. Так что носитель фамилии — потомок человека, который был религиозным авторитетом в своей общине.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе «Ахунд» прибавили русский патронимический суффикс -ов, который в славянской среде закрепился за фамилиями тюркского и иранского происхождения (как у Керимовых или Расуловых). Суффикс отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Ахунда». То есть фамилия — это типичная для Кавказа и Закавказья конструкция, где восточный титул обрастает славянским окончанием, что отражает многовековые контакты народов.

Встречается Ахундов преимущественно у азербайджанцев, лезгин и других народов Дагестана. В азербайджанской среде фамилия особенно распространена: достаточно вспомнить Мирзу Фатали Ахундова — классика азербайджанской литературы и просветителя XIX века. Его деятельность как раз подтверждает смысловую связь фамилии с учёностью и образованностью.

Есть и менее очевидная версия: в редких случаях ахундом могли прозвать не богослова, а просто грамотного и уважаемого старика, к которому ходили за советом. Но это скорее исключение — основное значение фамилии остаётся религиозно-сословным.