Фамилия Ахунов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ахунов уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ахунов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Ахунов восходит к тюркскому мужскому личному имени Ахун, что в переводе на русский язык означает «господин». Вероятно, нарекая своего ребенка таким именем, родители хотели, чтобы их сын рос хорошим человеком, которого уважали бы в обществе. Не следует исключать возможность того, что такое имя могли дать ребенку представители привилегированного слоя общества. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ахунов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Ахунов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.