Фамилия Ахуновы — это памятник восточной письменности и культуры, уходящий корнями в XV–XVII века. Её основа — тюркское мужское имя Ахун, которое переводится как «господин». Называя так сына, родители желали ему уважения в обществе и высокого положения; не исключено, что имя давали в привилегированных слоях.

В истории России много дворянских родов имело нерусское происхождение — фамилию Ахуновы могли принести с собой выходцы из Золотой Орды, потомки печенегов или половцев. Модель образования проста: к основе Ахун добавили русский патронимический суффикс -ов, который в женском роде даёт форму Ахунова. Это типичный для восточных фамилий путь — тюркское имя обрастало славянским окончанием, закрепляясь в документах как наследственное родовое имя.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия с именем Ахун — основная и правдоподобная. Слабая гипотеза, связывающая фамилию с арабским словом «ахун» (мулла, духовное лицо), встречается реже — её стоит упомянуть лишь как возможный отголосок, ведь в тюркской среде оба значения могли пересекаться. Но именно «господин» как светский титул выглядит убедительнее для фамилии, попавшей в русскую среду.