Фамилия Ахунянова — это вариант родового имени Ахуньянов, которое образовалось от личного имени Ахуньян. Само имя Ахуньян, в свою очередь, восходит к более сложной составной форме Ахунджан. Здесь соединились два персидских корня: «ахун» (наставляющий на путь истины, учитель, наставник, близкий человек) и «джан» (душа). Таким образом, имя буквально значило «душа-наставник» или «дорогой учитель», что указывает на высокий статус или глубокое уважение к человеку.

В русской языковой среде исходное имя Ахунджан, вероятно, упростилось до более привычного по звучанию Ахуньян, от которого и пошла фамилия. Модель образования здесь классическая: к основе имени добавился русский патронимический суффикс -ов (-ев), указывающий на принадлежность («чей?» — сын Ахуньяна). Форма Ахунянова — это женский вариант той же фамилии, который закрепился в документах как неизменяемая фамилия для женщин.

Фамилия несёт в себе память о восточных корнях и, скорее всего, указывает на предка, который был уважаемым духовным лицом, учителем или просто человеком, пользовавшимся особым авторитетом. Встречается она преимущественно в регионах Поволжья и Приуралья, где исторически сильны тюркские и персидские культурные влияния.