Фамилия Ахунянов является вариантом фамилии Ахуньянов, которая произошла от имени Ахуньян. Имя же Ахуньян является вариантом имени Ахунджан, которое восходит к двум персидским основам: «ахун», которая означает «наставляющий на путь истины; учитель, наставник; близкий человек», и «джан» - «душа». Таким образом, потомок человека, которого звали Ахуньян, со временем получил фамилию Ахунянов.