Фамилия Ахунянов — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант более полной формы Ахуньянов. Разница всего в одну букву («ян» вместо «ьян»), но она типична для русского бытового произношения, где безударный звук редуцируется и упрощается. Так что оба написания — Ахунянов и Ахуньянов — по сути, одна и та же фамилия, просто закрепившаяся в документах в чуть разном виде.

Основа фамилии — личное имя Ахуньян, которое в свою очередь восходит к персидскому составному имени Ахунджан. Оно складывается из двух корней: «ахун» (наставляющий на путь истины, учитель, наставник, а также близкий, уважаемый человек) и «джан» (душа). В тюркских языках, через которые такие имена часто попадали в русскую среду, «джан» превратилось в «ян». Получается, что имя Ахуньян можно перевести как «душа-наставник» или «учитель души» — пожелательное имя, которое давали с надеждой на духовные качества ребёнка.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ахуньян (или Ахунян) добавили типичный патронимический суффикс -ов. Такой суффикс указывает на принадлежность: «Ахунянов» буквально означает «сын Ахуньяна». Изначально это было отчество, которое со временем закрепилось как наследственная фамилия.

Встречается фамилия в основном у татар и башкир, что логично: именно в этой среде были распространены персидско-тюркские имена с корнем «ахун». Ахун — это не просто имя, но и религиозный титул у мусульман (вроде учёного богослова или муллы), так что предок-носитель имени Ахуньян вполне мог быть связан с духовенством. Однако имя давали и просто как благопожелательное, не обязательно по роду занятий.