Фамилия Ахуньянов — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское духовное звание стало основой для фамилии, а сама фамилия сохранила арабский корень через башкирское или татарское посредничество. Разбираем её по составу: корень «ахун» (от персидского آخوند — «ахунд», учёный богослов, учитель в медресе), суффикс «-ьян» и русский патронимический суффикс «-ов». Модель образования необычна: в тюркских языках фамилии на «-ов» — это русификация, а вот элемент «-ьян» — это, скорее всего, искажённый арабский суффикс множественного числа или принадлежности, который в башкирском и татарском языках мог звучать как «-ян» (сравните с фамилией Ахундов, где «-ов» приставлен прямо к корню, или с Ахуновым — без промежуточного суффикса). Таким образом, Ахуньянов буквально означает «потомок ахуна» или «из рода ахундов», причём двойная русификация (сначала тюркское имя, потом русское окончание) указывает на позднее оформление фамилии в XIX — начале XX века.

Географически фамилия почти наверняка привязана к башкиро-татарскому ареалу: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, Челябинская область. Ахун — не просто мулла, а высшее духовное лицо у мусульман Поволжья и Урала, которое могло руководить медресе или быть судьёй (кадием). Предок носителя фамилии, скорее всего, был таким учёным-богословом, и фамилия закрепилась за его потомками как указание на социальный статус, а не на личное прозвище. В отличие от фамилий, образованных от имён (например, Ахметов), Ахуньянов — это «профессионально-сословная» фамилия, редкая по чистоте значения.

Интересная деталь: в русских документах XVIII–XIX веков слово «ахун» могли записывать как «ахунд» или «ахунт», поэтому в метрических книгах встречаются варианты Ахундов, Ахунтов и Ахуньянов. Форма на «-ьянов» — самая редкая из трёх, и она выдаёт носителя, чьи предки жили в среде, где арабский суффикс «-ан» (обозначающий множественное число уважаемых лиц) осмыслялся как часть фамилии ещё до приписывания русского окончания. Это делает Ахуньянова не просто «потомком ахуна», а «потомком из рода ахунов» — с оттенком клановости, который в других фамилиях этой группы стёрся.