Фамилия Ахун — редкий пример фамилии, которая почти не изменила своей исходной формы: она звучит так же, как и слово, от которого образована. В русском языке это слово имеет два основных значения, и оба могли дать начало фамилии. Первое и самое вероятное — «ахун» как мусульманский титул, обозначающий духовное лицо, знатока Корана, что-то вроде старшего муллы или проповедника. Второе — «ахун» как диалектное название филина или сыча (от тюркского «укун» или татарского «акын»), но это значение встречается реже и локально.

Фамилия образована без суффикса, по так называемой «нулевой» модели: прозвище Ахун (по титулу или, реже, по птице) просто перешло в фамилию. В русской среде такие бессуффиксные фамилии — редкость, чаще они встречаются у тюркских народов, где Ахун — одна из распространённых фамилий. В русском контексте она могла закрепиться в форме Ахунов, но форма Ахун сохранилась у татар, башкир, азербайджанцев и народов Северного Кавказа.

Географически фамилия Ахун наиболее характерна для Татарстана, Башкортостана, а также для Азербайджана и Дагестана. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия почти не встречается — это указывает на позднее (в основном XIX век) закрепление фамилии среди оседлого мусульманского духовенства и крестьянства. В документах того времени «ахунами» называли выборных или назначенных мулл, и прозвище могло стать наследственным.

Словообразовательный разбор прост: корень «ахун» — целиком, без дополнительных формантов. Суффиксальный вариант Ахунов (с русским патронимическим суффиксом -ов) встречается чаще, но исходная форма Ахун более архаична и ближе к тюркской традиции, где фамилии часто совпадают с личным именем или прозвищем. Если сравнивать с однокоренными, то Ахундов (с азербайджанским суффиксом -ов) — тот же титул, но уже в иной национальной огласовке.

Споров вокруг этимологии почти нет: основная версия — от титула ахун. Альтернативная (от названия птицы) слаба, потому что для фамилий на тюркской почве титулы и должности — более продуктивный источник, чем зоонимы. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта фамилия не разбирается, так как автор сосредоточен на славянских моделях, но в работах по тюркской ономастике (например, у Г. Ф. Саттарова) Ахун уверенно возводится к духовному званию.