Фамилия Ахунц — редкий случай, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот корень слова заставляет задуматься. Она явно восточного, точнее, тюрко-персидского происхождения и характерна для народов Кавказа и Закавказья. В основе лежит слово «ахун» (ахунд, ахун), которое в разных культурах имело схожие значения: духовный учитель, наставник, учёный богослов, а в некоторых регионах — просто уважаемый грамотный человек. В азербайджанской и персидской среде «ахунд» — это титул священнослужителя высокого ранга, аналог муллы или шейха.

Суффикс «-ц» в фамилии Ахунц — ключ к её происхождению. Это типичный армянский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду (сравните с фамилиями Петросянц, Аванесянц, где конечное «-янц» со временем сократилось до «-ц»). Таким образом, «Ахунц» буквально означает «из рода Ахуна», то есть потомок человека, носившего титул или прозвище Ахун. Сама фамилия сложилась, скорее всего, на территории исторической Армении или в армянской среде, тесно контактировавшей с тюрко-персидским миром.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Ахунц был не просто верующим, а человеком книжной учёности: муллой, учителем при мечети или медресе, знатоком Корана. В армянской среде, особенно в Западной Армении и Нагорном Карабахе, такое прозвище мог получить и священник Армянской апостольской церкви, если он прославился мудростью или долго учился у мусульманских богословов (что бывало). Второй, менее вероятный вариант: прозвище Ахун могло закрепиться за человеком, который постоянно цитировал учения или носил одежду, напоминавшую облачение ахунда.

Фамилия Ахунц почти не встречается за пределами Закавказья и армянской диаспоры. Её носители — потомки тех, кто жил в полиэтничной среде, где персидская культура и исламская учёность соседствовали с христианскими традициями. Сословно это, скорее всего, духовное сословие или, реже, городские ремесленники и купцы, получившие прозвище за набожность. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ян», суффикс «-ц» чётко маркирует именно армянскую ветвь, что делает фамилию Ахунц не просто отсылкой к восточному титулу, а указанием на сложное культурное переплетение в истории семьи.