Фамилия Ахунбаева — женская форма фамилии Ахунбаев, и её происхождение напрямую связано с мусульманским духовенством и тюркскими языками. Основа фамилии — слово «ахун» (варианты: ахунд, ахун), которое в дореволюционной Средней Азии и на Кавказе обозначало высшее духовное лицо, учёного-богослова или судью по шариату. Второй компонент «бай» в тюркских языках означает «господин», «богатый», «хозяин». Таким образом, Ахунбай — это сложносоставное имя или прозвище: «господин-ахун» или «богатый ахун». Такие двухосновные имена были распространены у тюркских народов, особенно у киргизов, казахов, узбеков и татар, где «бай» часто добавляли к имени или титулу для усиления уважительности.

Фамилия Ахунбаев образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на согласный. В данном случае — к мужскому имени Ахунбай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Ахунбая» или «из рода Ахунбая». Женский вариант Ахунбаева, соответственно, означает «дочь» или «жена Ахунбая». В отличие от фамилий на -ин или -ов, суффикс -ев здесь закономерен, так как основа имени заканчивается на «й», который перед суффиксом переходит в «ев» (Ахунбай → Ахунбаев).

Географически фамилия Ахунбаева чаще всего встречается в Киргизии и среди киргизской диаспоры. Это связано с тем, что титул «ахун» был особенно распространён в Ферганской долине и на территории современного Кыргызстана, где исламские учёные играли заметную роль в обществе. В дореволюционной переписи населения фамилия могла фиксироваться в вариантах Ахунбаев, Ахунбаева, а также с искажениями (например, Ахумбаев). Носители фамилии, как правило, происходили из сословия духовенства или зажиточных крестьян, но были и случаи, когда «ахун» становилось личным именем, а не титулом, и фамилия просто указывала на родство с человеком по имени Ахун.

Стоит отметить, что фамилия не является чисто русской: она возникла в результате взаимодействия тюркской антропонимической традиции с русской фамильной моделью в XIX — начале XX века. В отличие от фамилий на -ский, которые могли указывать на дворянское происхождение, Ахунбаева — типичная «народная» фамилия, показывающая социальный статус предка. Если искать однокоренные фамилии, то это Ахунов, Ахундов, Ахунджанов — все они восходят к тому же корню «ахун», но с разными суффиксами и компонентами.