Фамилия Ахундова образована от мусульманского имени Ахунд (или Ахун), которое в переводе с персидского означает «наставляющий на путь истины», «учитель, наставник» или «близкий человек». К таким именам, очевидно, относится и имя Ахунд. Родители могли так назвать своего ребенка в надежде, что он вырастет мудрым, влиятеьным человеком. Однако не исключено, что в основе фамилии Ахундова лежит не имя, а прозвище Ахунд, указывающее на социальный статус предка. Ахундами называются мусульманские ученые высшего разряда, богословы и служители культа, стоящие выше муллы. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ахундовых можно лишь на основании генеалогических исследований.