Фамилия Ахундлу — яркий пример того, как географическое происхождение и социальный статус предков закрепляются в родовом имени. В основе лежит слово «ахунд» (вариант — «ахун»), которое в мусульманских общинах Кавказа и Средней Азии обозначало духовное лицо, знатока Корана, часто — главу местной мечети или религиозного учителя. Это звание, в свою очередь, восходит к персидскому «ахунд» — «наставник», «учитель».

Ключевая особенность — суффикс «-лу». Это азербайджанский (и шире — тюркский) патронимический или посессивный аффикс, указывающий на принадлежность к роду или местности. Если русский суффикс «-ов» говорит «чей?» (сын Ивана), то «-лу» означает «из рода» или «относящийся к». Таким образом, Ахундлу — это «из рода ахунда», «потомок духовного наставника». Встречаются также варианты написания с мягким знаком — Ахундлю, что объясняется особенностями русской передачи азербайджанских фамилий.

Фамилия почти наверняка имеет азербайджанские или, в более широком смысле, тюркские корни, распространённые на территории современного Азербайджана, а также среди тюркоязычных народов Дагестана (особенно лезгин и татов). В отличие от русских фамилий на «-ов», которые массово закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на «-лу» часто сохраняли сословную окраску: они указывали на принадлежность к духовенству или знатному роду, а не к крестьянской общине. Носители фамилии Ахундлу в прошлом, скорее всего, происходили из семьи уважаемых религиозных деятелей, и эта связь с духовным саном была настолько значимой, что стала определять фамилию на поколения вперёд.