Фамилия Ахундов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ахундов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ахундов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ахундов образована от мусульманского имени Ахунд (или Ахун), которое в переводе с персидского означает «наставляющий на путь истины», «учитель, наставник» или «близкий человек». Однако не исключено, что в основе фамилии Ахундов лежит не имя, а прозвище Ахунд, указывающее на социальный статус предка. Ахундами называются мусульманские ученые высшего разряда, богословы и служители культа, стоящие выше муллы. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ахундов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ахундов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.