Фамилия Ахундянова — женская форма фамилии Ахундянов. Она образована от арабского титула «ахунд», который в мусульманском мире означал религиозного наставника, учёного богослова или главу духовной школы. В тюркских языках (татарском, башкирском) слово «ахунд» (акхунд) закрепилось как обозначение уважаемого человека, знатока Корана и шариата. Таким образом, основа фамилии — не личное имя, а социальный статус: предок носителя был либо самим ахундом, либо служил при нём, либо получил прозвище по роду занятий.

Словообразовательная модель здесь классическая для тюркских фамилий русифицированного типа: к основе «Ахундян» добавлен патронимический суффикс -ов. Форма «Ахундянов» (а не «Ахундов») указывает на то, что исходное слово в тюркском произношении имело вариант «ахундян» (с конечным -ян, характерным для некоторых диалектов или как вариант написания). Суффикс -ян в тюркских языках может выступать как уменьшительный или принадлежностный, но в данном случае он, скорее всего, является частью адаптации арабского слова к местному произношению. Сравните с фамилиями Ахундов, Ахундзаде — они образованы от того же корня, но с разными суффиксами (тюркским -заде «сын»).

Географически фамилия Ахундянова встречается преимущественно у татар и башкир, а также у народов Дагестана и Азербайджана, где титул «ахунд» был распространён вплоть до начала XX века. В дореволюционной России ахунды часто были не просто священнослужителями, но и судьями по шариату, что делало их заметными фигурами в общине. Поэтому носители фамилии с большой вероятностью происходят из духовного сословия (мулл, имамов) или из семей, где этот статус передавался по наследству.

Фамилия не имеет отношения к популярному имени Ахун (которое тоже существует), хотя внешнее сходство иногда вводит в заблуждение. Ахундянов — это именно «сын ахунда», а не «сын Ахуна». Если в роду были переселения или смешение культур, возможны варианты написания: Ахунджанов, Ахундов, но Ахундянова сохраняет более архаичную тюркскую огласовку.