Фамилия Ахуньянова — женская форма, образованная от мужской Ахуньянов. В основе лежит тюркское слово «ахун» (или «ахунд»), которое в дореволюционной России обозначало высший мусульманский духовный сан, главного муллу или религиозного наставника. В татарской и башкирской среде ахун — это не просто священнослужитель, а авторитетный богослов, часто руководивший несколькими приходами. Прибавка к основе суффикса -ов (в женском варианте -ова) — классический русский способ русификации тюркских фамилий, который закрепился у народов Поволжья и Приуралья в XIX–XX веках.

Словообразовательная модель проста: к прозвищу или титулу Ахун прибавили патронимический суффикс -ьян (или -ян), который в татарском языке указывает на принадлежность. «Ахуньян» буквально значит «сын ахуна» или «относящийся к ахуну». Затем русское окончание -ов превратило это в фамилию, которая по документам закрепилась за потомками. Таким образом, Ахуньянов — это «внук ахуна», а не сам ахун.

Географически фамилия почти целиком привязана к Башкортостану и Татарстану, реже встречается у мишарей и сибирских татар. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители фамилии — преимущественно крестьяне и мещане из уфимских и оренбургских губерний. Родоначальник, скорее всего, был заметной фигурой в местной мусульманской общине: не обязательно сам ахун, но человек, чей отец или дед носил этот сан. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Волго-Уральского региона, поэтому её редкий характер — дополнительный указатель на конкретное происхождение из среды татарского или башкирского духовенства.

Встречаются варианты написания через «о» — Ахуньянов, но в документах советского времени чаще фиксировалась форма Ахуньянова для женщин. Ударение обычно падает на второй слог: АхУньянова.